Yapon təhsil sistemini üç orqan maliyələşdirir-federal hökumət, perefekturalar və bələdijjələr. Təhsil sistemini idarə etmək üçün təhsil şurası yaradılıb.Təhsil şurasının üzvləri hər prefekturadan bir nəfər seçilir və onların arasından bir nəfər rəhbər seçilir. Bu qurum ölkənin təhsil siyasətini müəyyənləşdirir. Məktəbəqədər təhsil könüllüdür. Ölkədə dövlət uşaq baxçaları ilə birlikdə özəl baxçalar da fəaliyyət göstərir.
İbtidai təhsil icbaridir, 6 il ibtidai təhsil müddətidir, dərslərdə əsasən tətbiqi bacarıqlara, müzakirələrə oyunlara üstünlük verilir. İbtidai təhsilin əsas məqsədi regional və milli adət ənənələri şagirdlərə aşılatmaq və ryaziyat,ana dili, musiqi, ədəbiyyat kimi fənlərin tədrisidir. Orta təhsil iki mərhələdən ibarət olub 6 il davam edir. 9 illik təhsil məcburidir. İ apreldə məktəb başlanır 31 martda qurtarır. Əlavə öyrənmək istəyənlər "Yuku "məktəblərinə də gedirlər.
Yapon məktəblərinin fərqli bir xüsusiyyəti məktəbdə xadimənin olmamasıdır. Sinifi, məktəbi, hətta tualetəri də müəllimlər və şagirdlər təmizləyirlər. Əgər hər hansı bir səbəbdən müəllim dərsə gəlməyibsə onu heç kim əvəz eləmir, şagirdlər sinifdə oturub dərslərini öyrənirlər. Yapon təhsilində intizam və qanunlara tabe olmaq öndə durur.
